Câu chuyện diễn ra vào thời điểm ba năm sau cái chết của Hyun Joon (nhân vật do Lee Byung Hun thủ vai) ở phần 1. Bộ phim sẽ tiết lộ những bí ẩn xung quanh cái chết của Hyun Joo cùng với Baek San – người đã bị bắt vì đã hoạt động bí mật trong tổ chứ IRIS và phác thảo chân dung của Ms.Black – người điều khiển mọi hoạt động thông qua Baek San. Bộ phim cũng sẽ là cuộc chiến của những đặc vụ NSS chống lại IRIS – tổ chức ngày càng lớn mạnh và càng khó để phá hủy với đặc vụ Yoo Gun (Jang Hyuk) – lãnh đạo của đội NSS TF – A. Trong khi đang chiến đấu chống lại Baek San (Kim Young Chul), Yoo Gun lại bị cuốn vào một vụ án làm thay đổi số phận của anh mãi mãi.